ゲノムの個人差は、薬の効きやすさや副作用の起りやすさとも関係していると考えられています。同じ薬を投与しても、人によって効果がある人と、効果がない、あるいは副作用が出てしまう人など、いろいろな違いがあります。その原因のかなりの部分がゲノムの個人差で説明できることがわかってきました。ゲノムの違いを調べることで、それぞれに合った薬の使い方ができるようになることが期待されています。